Græsholmen er beboet af fuglene. Her må der ikke komme mennesker. Her lever fortrinsvis sølvmåger, stormmåger, svartbag og ganske få sildemåger. Sølvmågen er ubetinget Ertholmenes talrigeste ynglefugl. Danmarks eneste yngleplads for alk og lomvie findes også her. Både alk og lomvie yngler normalt på stejle fuglefjelde, her må alken og lomvien nøjes med at søge redesteder under store sten og klippeblokke. Alken og lomvien er begge havfugle. De tilbringer således det meste af året, bortset fra yngletiden, på det åbne hav.

Sølvmågerne er så dominerende, at mange af ederfuglene er søgt til Christiansø og Frederiksø, hvor de ruger i græsset eller under buskene i borgernes haver og langs med stierne. Ligeledes er en del af stormmågerne blevet fortrængt til de øvrige øers mure og klipper. I det lave vand omkring øerne ses den toppede skalleslugere og gråænder.

Når ederfugleæggene er udruget, samler hunnerne ællingerne i familieflokke og svømmer derefter til Bornholm, hvor der er mere føde.
Af andre ynglende fugle kan nævnes by- og landsvale, gråspurv, gærdesanger, havesanger, løvsanger, solsort, tornirisk, tornsanger og vipstjert. m.fl.

Ertholmene ligger på ruten for de store fugletræk mellem Skandinavien og Europa/Afrika. Store flokke af viber ses allerede i februar, mens marts er den dominerende trækmåned. I træktiden opholder ofte flere tusinde fugle sig på øerne for at raste, inden de flyver videre.

Vejret spiller en stor rolle for, hvilke fugle der passerer det enkelte år. Øen har gennem mange år været ringmærkningsstation.
Som et kuriosum kan tilføjes, at der ofte i sommermånederne optræder træk af sommerfugle fra det sydlige Europa.