1080-1684: Ertholmene i fordums tid

Strædet mellem Christiansø og Frederiksø har formodentlig været anvendt som havn i mere end 1000 år. Før fæstningens grundlæggelse var øerne i perioder tilholdssted for sørøvere.

I den tidlige middelalder var Ertholmene et øde og barsk sted, som ofte blev anvendt af vendiske sørøvere, der hærgede i de danske farvande. Knud den Hellige sendte omkring år 1080 sin jarl, vikingen Blod-Egil, med et vagthold til Ertholmene for at holde sørøverne væk. Blod Egil kunne dog ikke stå for fristelsen til selv at plyndre et skib på Ertholmene og brænde dets mandskab levende. 
I 1300-tallet brugte sørøvere fra de tyske Hansestæder Ertholmene som tilholdssted. Dronning Margrethe I planlagde af samme grund at bygge en borg på øerne for at holde sørøveruvæsnet i skak
I perioder, hvor der var fred, blev øernes naturlige havn benyttet af bornholmske fiskere, der opholdt sig på øerne i sommerhalvåret. 


1684-1708: Fæstningens grundlæggelse

Christiansø blev påbegyndt i perioden med svenskekrigene. En del af arbejdet blev foretaget af nordmænd i en hård kamp mod den ugæstfri natur. 

I sommeren 1684 begyndte hammerslagene at lyde på Ertholmene. Fæstningsbyggeriet blev påbegyndt. Danmarks havde i 1658 afstået Skåne, Halland og Blekinge til Sverige og måtte derfor have en ny havn for sine krigsskibe i Østersøen. 288 nordmænd blev sendt til klippeøen under ledelse af den hollandske fæstningsingeniør Anthony Coucheron, som havde erfaring fra Norge med fæstningsbyggeri på klippegrund.  
Store Tårn og Lille Tårn og de fire havnebatterier var noget af det første, der blev bygget. Det meste af granitten til bastioner og mure blev brudt på stedet, men noget blev også hentet på Bornholm, bl.a. fra Hammershus.  


1709-1720: Store Nordiske Krig

Under Store Nordiske Krig benyttedes Christiansø fra 1709 som støttepunkt for både kapere – en slags statsautoriserede sørøvere – og for søhelten Tordenskiolds flåde. 

Christiansøs geografiske beliggenhed har bevirket, at fæstningen har spillet en rolle under to vigtige europæiske konflikter i historien. Den første var Store Nordiske Krig 1700-1721.
Christiansøs naturlige beliggenhed mellem Sverige og Svensk Pommern gjorde, at fæstningen i perioder fungerede som et støttepunkt for en dansk blokade af farvandet mellem det svenske hovedland og dets nordtyske besiddelser. En blokade som bl.a. blev varetaget af søhelten Peter Wessel Tordenskiold, der anvendte Christiansø som base for sin flåde.
Fæstningen blev også brugt som kaperbase. En nat blev øen selv invaderet af svenske kapere, der nåede at stikke ild til et par skibe.


1721-1800: Fiskeri, fanger og forfald

Efter Store Nordiske Krig var Danmark i fred i næsten 80 år. I denne tid forfaldt fæstningen, Christiansø blev forvisningssted for straffefanger, og soldaterne slog sig på fiskeri.

Under den såkaldte ”lange fredsperiode” mellem 1721 og 1800 havde man ikke synderligt brug for en militær fæstning, hvorfor Christiansø i løbet af århundredet udviklede sig til lidt af en udørk. Til gengæld udviklede der sig, hvad man kan kalde et egentligt samfund på øerne. Fiskeriet blev med tiden hovederhvervet, frem for soldatergerningen.

I perioden benyttedes fæstningen også som forvisningssted for besværlige elementer. Et forblæst, klippefuldt fængsel, hvor straffefanger, kriminelle, sindssyge, psykopater og politiske dissidenter blev sendt hen – enten som ”jernfanger” til straffearbejde i fæstningens granitbrud – eller simpelthen bare væk fra verdens øjne. Christiansø fortsatte i denne funktion helt op til fæstningens nedlæggelse. 


1801-1814: Englandskrigene

Christiansø fik igen en militær betydning under Napoleonskrigene, da Danmark kom i krig med England. Det blev fæstningens mest dramatiske periode med kapere, bombardement og mytteri.

I krigen mod England i 1807-14 blev Christiansøs befolkningstal mere end fordoblet af soldater, der blev sendt til øerne som forstærkning. Øerne blev en af Danmarks vigtigste baser for de danske statsautoriserede sørøvere, kaperne, som angreb engelske og svenske handelsskibe i Østersøen. 
I 1808 blev fæstningen mål for et af englændernes værste angreb under krigen. Angrebet mislykkedes dog, og englænderne måtte sejle hjem med uforrettet sag. 
I 1809 begik 200 marinesoldater mytteri, stak kommandanten ned, arresterede officererne og tog fæstningen under kontrol. Dramaet endte med, at oprørerne stak af til Sverige. 


1815-56: Fæstningens nedlæggelse

I 1826 blev den prominente fange dr. Dampe forvist til Christiansø, og i et par år var Frederiksø karantænestation under en uhyggelig epidemi. Men i 1856 blev fæstningen nedlagt.

I 1826 blev livstidsfangen dr. Dampe sendt til Christiansø. Han var dømt for forsøg på med vold at omstyrte den danske enevælde. I Dampes 15 år på øerne prøvede han flere gange forgæves at flygte. Dog fik han et godt forhold til flere af fæstningens beboere.     

I 1831 blev Frederiksø omdannet til karantænestation, fordi den asiatiske kolera hærgede i Rusland. Broen mellem de to øer blev sløjfet, og Frederiksø var herefter lukket land for alle andre end de skibe, der skulle desinficeres inden rejsen videre gennem dansk farvand.   

Fæstningsbyggeriet fortsatte på øerne. Men udviklingen havde overhalet befæstningen, og Christiansøs stenmure kunne ikke stå sig mod den tids krigsteknologi. I 1856 blev fæstningen derfor nedlagt. 


1856-2013: Fiskersamfund og kunstnerkoloni

Kernen af Christiansøs samfund bestod i 1900-tallet udelukkende af fiskere. Kunstnerne kom dog også til. Under 2. Verdenskrig brugtes øen som forsyningslinje for modstandsfolk.  

Fæstningens nedlæggelse skabte selvsagt stor arbejdsløshed på Christiansø, og regeringen frygtede øen ville udvikle sig til en ”fattigkoloni”. De mange arbejdsløse familier fik derfor besked på at fraflytte øerne. Da det et par år senere gik op for regeringen, at beboerne sagtens kunne klare sig ved fiskeriet, fik mange familier dog lov til at flytte tilbage.

I starten af 1900-tallet fik kunstnerne for alvor øjnene op for naturen, lyset og farverne på Christiansø, men også de gamle fæstningsværker med deres grå flader og snorlige linjer blev et yndet motiv for kunstnere som Edward Weie, Carl Isakson, Harald Giersing, Axel Salto, Aage Gitz-Johansen og mange andre.  

I 1922 blev Christiansøs bygninger fredet, og senere fulgte fredninger af øernes plante- og dyreliv.

Under 2. Verdenskrig 1940-45 var der på Christiansø udstationeret 2 tyske soldater. Samtidig deltog flere af øens fiskere i transport af jøder til Sverige og indsmugling af våben til modstandsbevægelsen – dette fattede de to udstationerede tyske soldater dog aldrig.

I 2013 flyttede en sidste erhvervsfisker fra Christiansø.