Christiansøs klima og natur er meget påvirket af det omkringliggende hav og af den granit som øerne består af. Begge dele suger varme til sig i sommermånederne det betyder at der er lunt langt hen på efteråret, til gengæld er foråret, på grund af kolde havtemperaturer, køligere, så løvspringet indtræffer derfor lidt senere her end i resten af landet.

Øerne er totalt fredede. Dette gælder også plante og dyrelivet. Græsholmen har siden 1937 været videnskabeligt naturreservat. I 1977 fik Ertholmene og det omliggende havområde, i alt 15 km2, endelig en mere generel beskyttelse under Ramsarkonventionen. Området blev optaget på en liste med danske vådområder der har international betydning navnlig som levesteder for vandfugle.