På grund af øernes beskedne størrelse og isolerede beliggenhed findes der ikke oprindelige landpattedyr.

I 1800-tallet var sæler almindelige ved øerne, men blev både her og på Bornholm skudt bort i starten af 1900-tallet. I de senere år er gråsælen dog vendt tilbage. Med op til 400 rastende gråsæler i 2013 udgør Ertholmene i dag Danmarks største rasteplads for denne store sæl.

Enkelte flagermus kan ses som trækgæster.

Dyrelivet på øerne er især koncentreret om øens vandhuller og damme. Mest højlydt er grøn frø, men de er så hurtige til at smutte væk, at de sjældent ses. I regnvejr kommer alle skrubtudserne frem, så der skal man træde varsomt. Af andre padder kan nævnes lille vandsalamander og grønbroget tudse. Der er ikke mange pattedyr på Ertholmene, men der lever i dag stadig en lille bestand af pindsvin, der blev udsat på øerne i 1950’erne.

Ertholmene har gennem århundreder været centrum for fiskeriet i Østersøen, og der er i området nogle af de vigtigste gydepladser for fiskene. Der kan fanges sild, skrubber, pighvar, hornfisk, ål, torsk og laks. Idet Østersøen her er brakvandsområde, er det ikke usædvanligt at se ulk, sild, brisling, ål, ålekvabbe og gedde på det lave vand omkring øerne.

Fiskeriet er på grund af tilbagegang i fiskebestandene, særligt som følge af gråsælernes tilstedeværelse, og på grund af restriktioner gået så meget tilbage, at betydningen for øens erhvervsliv er borte.

I dag importeres den sild, der forarbejdes i øens lille fiskeindustri, Ruths Kryddersild.

HONNINGBIERNE PÅ CHRISTIANSØ

Ertholmene er reservat for nordiske honningbier.
Det er den gamle race af honningbier, der indtil for ca. 170 år siden var den eneste race af honningbier nord for Alperne

I Danmark findes den gamle birace kun på Læsø, Endelave, Anholt og Ertholmene.
Andre steder bruges andre biracer eller blandinger af forskellige racer.
De nordiske honningbier flyver ved lavere temperaturer end andre biracer. De bruger ikke så meget vinterfoder og klarer sig godt om vinteren.

Af hensyn til avlsarbejdet er det nødvendigt at beskytte bierne mod opblanding med andre racer. Til gengæld kan Christiansø fungere som parringsstation, hvor biavlere kan få ubefrugtede dronninger parret med nordiske droner.
Øboerne er glade for bierne. De plejer at sige, at de høster 10 gange så mange kg jordbær og æbler på grund af biernes bestøvning i forhold til tidligere, hvor der ikke var bier.
Biernes bestøvning sikrer også en bedre bestøvning af de fleste vilde blomsterplanter, så der bliver en større mængde frø og bær til øernes mange trækfugle.